Penser l’élevage de demain, c’est vouloir des animaux plus durables, capables de s’adapter à des environnements en évolution tout en exprimant leurs performances de manière optimale. L’objectif de cet axe thématique est d’aborder de façon conjointe les caractéristiques de l’animal et celles de son environnement d’élevage, en considérant la diversité de systèmes de production.
Les efforts de recherches soutenus par APIS-GENE ont vocation à répondre aux enjeux auxquels l’élevage fait face : la compétition pour les ressources alimentaires et les terres (feed/food), le changement climatique et la réduction des gaz à effet de serre. L’amélioration de la robustesse des animaux au travers de caractères comme la résilience, la longévité ou la précocité fait aussi partie des objectifs de cet axe.
L’un des objectifs est également de développer des approches innovantes de phénotypage et de calcul. Ces technologies et méthodes permettent d’étudier des caractères toujours plus complexes, adaptés à la diversité des systèmes d’élevage, dans un souci d’allier progrès génétique et maintien de la diversité. Dans ce contexte, l’épigénétique est un domaine prometteur de solutions.

L’amélioration de la santé et du bien-être animal relèvent et participent au concept « one health, one welfare ». Les maladies, qu’elles soient physiologiques, métabolique, parasitaires ou infectieuses sont des entraves au bien-être animal. Elles pénalisent l’efficacité globale des élevages en induisant des coûts liés à des baisses de productivité, à des augmentations de taux de réforme, de frais vétérinaires. Elles peuvent aussi avoir des conséquences économiques fortes dues à des fermetures de marchés internationaux. APIS-GENE oriente ses financements aussi bien sur des affections spécifiques notamment pour identifier des solutions alternatives aux anthelminthiques (e.g. la résistance aux parasites intestinaux, à la sarcosporidiose ou aux mammites et à la santé des pieds) qu’à l’état général de l’animal (e.g. robustesse, résilience, affections diarrhéiques et respiratoires des veaux).
Définit par l’OIE (organisation mondiale de la santé animale) comme « l’état physique et mental d’un animal en relation avec les conditions dans lesquelles il vit », le bien-être animal a pris une importance croissante dans la société. Jusqu’à peu cette priorité était approchée indirectement par l’amélioration de la santé. Les évolutions technologiques ont permis de débuter des programmes spécifiques à valence génétique.

L’amélioration de la productivité numérique et la réduction des pertes, notamment dues à la mortalité des jeunes, sont enjeux forts de l’élevage des ruminants. Ils permettent une réduction des coûts induits, tels que les frais vétérinaires ou l’équarrissage. La maîtrise de la reproduction est de manière générale un facteur clef de la durabilité des élevages. La garantie de la fertilité, l’amélioration de la résilience reproductive des animaux ou la réduction des périodes improductives sont des caractères clefs pour les élevages.
Des travaux de recherche « à large spectre » sont donc soutenus par APIS-GENE concernant l’optimisation et l’amélioration des technologies de la reproduction ou l’amélioration de l’insémination animale. La qualité de la semence à la fois en bovins et en petits ruminants, l’amélioration du transfert d’embryon qui permet de valoriser, en plus des mâles, les meilleures femelles des élevages et donc d’améliorer le niveau génétique, sont également des thématiques centrales de cet axe.
Parmi les autres sujets au cœur du programme EGER 4.0, l’identification d’alternatives aux hormones est un fort enjeu pour les filières d’élevage, notamment pour les filières petits ruminants.

Les produits issus de l’élevage doivent allier qualité compositionnelle, organoleptique et nutritionnelle afin de répondre aux besoins des consommateurs. Ils doivent aussi répondre aux attentes en termes de qualité technologique et sanitaire afin de satisfaire les besoins de procédés de transformation. Afin d’éviter des pertes économiques et dans le but de diminuer le gaspillage alimentaire, assurer la qualité des produits est un enjeu important pour les filières et l’efficacité globale du système.

Les recherches soutenues par APIS-GENE ont pour ambition d’apporter des réponses pour une amélioration des qualités des produits, notamment en vue de la transformation de ces produits pour la consommation humaine. Elles sont orientées autour de l’identification d’objectifs de sélection pertinents, de QTL et de variants génétiques en lien avec des caractères d’intérêt. C’est par exemple le cas du potentiel de qualité de viande, de la précocité de développement, de la fromageabilité. D’autres sujets de recherches portent sur la résistance des animaux au portage d’agents pathogènes pour l’Homme ou d’agents responsable d’altération de la qualité des produits.